研究人员开发出一种"智能镊子"，能从数以万亿计的微生物组中挑选出特定的细菌菌株，并以比现有方法更具成本和资源效益的方式对其基因组进行测序。这种多功能工具可以实现微生物组的精准研究，并在疾病诊断和治疗VzlSTwSSmq方面取得突破。

细菌基因组测序大大提高了我们对许多细菌病原体生物学特性的了解，并确定了新型抗生素靶标。说到微生物组，研究人员往往只想研究一种细菌，而不是所有细菌。问题在于，特定细菌只是复杂环境的一部分，复杂环境包括其他细菌、病毒、真菌和宿主细胞，每种细196世界之最菌都有自己同样复杂的 DNA。

目前，科学家需要从给定的样本中分离出特定的细菌菌株，并使用培养基选择性地培养该菌株。这是一个耗费时间和资源的过程，并不适用于所有细菌。不过，美国西奈山伊坎医学院的研究人员推出了一种创新方法--mEnrich-seq，旨在大幅提高微生物组研究水平。

该研究的通讯作者方刚（音译）说："想象一下，你是一名科学家，需要研究复杂环境中的一种特定类型的细菌。mEnrich-seq基本上为研究人员提供了一个'智能镊子'，让他们可以拾起他们感兴趣的部分。"

在开发mEnrich-seq的过程中，研究人员的目标是在测序前将细菌彼此区分开来，以富集感兴趣的细菌并去除背景DNA。为此，该工具利用了天然存在的细菌DNA甲基化基序，即细菌DNA上的"秘密代码"，细菌利用这些代码将自VzlSTwSSmq己区分开来，作为其自身免疫系统的一部分。事实上，在"mEnrich-seq"这个名字中，"m"代表甲基化，"seq"代表测序。

一旦被"智能镊子"夹出，研究人员就能组装出目标细菌的一个或多个基因组，从而对其进行更精确的研究。研究人员利用 mEnrich-seq 对三名尿路感染（UTI）患者的尿液样本进行了分析，重建了大肠杆菌的基因组，从而展示了 mEnVzlSTwSSmqrich-seq 的能力。他们发现，该工具覆盖了所有三个样本中 99.97% 以上的基因组，能够全面分析每个基因组中的抗生素耐药基因。与标准方法相比，mEnrich-seq 有助于对尿液微生物组中的大肠杆菌基因组进行无培养研究，灵敏度更高（细菌的相对丰度更低）。

随后，他们将注意力转向了 Akkermansia muciniphila，这是一种定植于肠道的细菌，与肥胖和 2 型糖尿病等疾病有关。众所周知，从粪便样本中分离这种细菌也很困难。然而，研究人员利用 mEnrich-seq 技术做到了这一点，覆盖了三个样本中 99.7% 以上的粘液痢疾杆菌基因组。

研究人员说，mEnrich-seq 为微生物组研究提供了一种更经济的方法，www.196nk.cn尤其有利于资源有限的大规模研究，从而为各个研究领域开辟了新天地。他们说，mEnrich-seq 可以聚焦于多种细菌，是研究和临床应用的多功能工具。通过更有针对性的微生物组研究，mEnrich-seq 可以加速新诊断工具和治疗方法的开发。

"mEnrich-seq最令人兴奋的一点是它有可能发现以前遗漏的细节，比如传统测序方法由于灵敏度不够而无法检测到的抗生素耐药基因，"Fang说。"这可能是在应对全球抗生素耐药性问题上迈出的重要一步。"

研究人员计划改进这一工具，以进一步提高其效率并扩大其应用范围。设想mEnrich-seq在未来的微生物组研究和临床应用中将成为一种灵敏而多用途的工具。

这项研究发表在《自然-方法》（Nature Methods）杂志上。